Az animéket és a mangákat aszerint csoportosítják, hogy milyen közönségnek szánták őket. A shoujo lányt jelent, és ahogy gyaníthatjuk, a célközönséget a fiatalok és a tinédzser lányok alkotják. Hasonlóan a shounen fiúknak készül. A shoujo alműfaja a maho shoujo (magical girl) ami általában arra épül, hogy egy átlagos lány talál valamilyen misztikus dolgot, melynek segítségével szuperhőssé változik és természetfeletti képességekre tesz szert és legyőzi a gonoszt. Ugyanez a kisebb csoport megtalálható a fiúknak szóló műfajon belül is, de kisebb számban és általában nem követik ilyen mereven a műfaji kötöttségeket. Az idősebb lányok (gimnázium után, egyetemi évek) számára készül a josei a tinédzser és ettől idősebb fiúk számára a seinen. Ezek többsége arra a szituációra épít, mikor egy fiú van együtt több lánnyal, akik szeretik őt és valamilyen szokatlan helyzetben találjuk őket („hárem -komédiák”) Az ecchi az enyhe szexuális humorra épül, női fehérnemű és meztelen lányok, leselkedő fiúk minden mennyiségben. Sok „hárem-komédia” esik bele ebbe a kategóriába is. Az események azonban nem durvulnak el, nem jelenítik meg a szexuális aktust. Ezzel ellentétben a hentai műfaj a pornó anime megfelelője. A shoujo-ai (lányszerelem) két lány közötti szerelmes viszonyra utal, rengeteg érzelemmel, érintéssel és csókkal, de ezzel a fizikai érintkezés véget ér. A yuri itt „veszi föl a fonalat” és folytatja tovább. A shounen-ai (fiúszerelem) és a yaoi ugyanezeket a tetteket és érzéseket mutatja be, csak éppen két fiú között. Sok szerelmi történet csinos és elegáns, hosszú hajú karakterek között bonyolódik. Ezeket bishoujo-nak (gyönyörű lány) és bishounen-nek (gyönyörű fiú) hívják. Két további műfaj elsősorban a fiúk körében nagyon népszerű. A mecha-ban óriás robotok szerepelnek, melyeket pilóták irányítanak (általában tinédzserek) és más robotokkal harcolnak. A super sentai -ban (harcoló egység) szuperhősökből álló csapatok szerepelnek, általában 4-5 főből állnak.